Під час здійснення господарських операцій іноді виникає необхідність здійснити коригування податкової накладної. Також це є актуальним, коли податковим органом здійснено зупинення реєстрації податкової накладної. Однак дуже часто Податкові органи часто не хочуть вникати в проблеми платника податку, та тлумачать це так, що платник податків подав дві різних податкових накладних, а останню- ще з порушенням термінів реєстрації податкової накладної, передбаченої ст. 201 Податкового Кодексу.
Як передбачено п. 198.6 ст. 198 Податкового Кодексу, на час зупинення реєстрації податкової накладної/ коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних згідно ст. 201 Податкового кодексу перебіг такого строку переривається на період зупинення їх реєстрації та відновлюється з дня припинення процедури зупинення реєстрації податкової накладної.
П. 121.-1.1 ст. 121-1 Податкового Кодексу зазначено, що у випадку зупинення реєстрації податкової накладної/ коригування в Реєстрі податкових накладних згідно ст. 201 Податкового Кодексу, штрафи не накладаються на час зупинення реєстрації податкової накладної до прийняття рішення відновлення реєстрації податкових накладних, коригування згідно ст. 201 Податкового Кодексу.
Враховуючі вищевикладене, застосування штрафу Податковим органом на час зупинення реєстрації податкової накладної та відновлення з дня процедури зупинення є незаконним.
Такий висновок був зроблений Апеляційним Адміністративним судом 31 липня 2017 року по справі за позовом ТОВ до Податкового органу про визнання протиправним та скасування податкового повідомлення-рішення. В подальшому рішення Апеляційного Суду постановою Верховного Суду від 25 січня 2024 року залишено без змін.